苍南县第二实验小学创办于清光绪32年(1906年)，学校以师资雄厚、治学严谨享誉浙南，慕名而来求学者不乏其人，杨忠道、苏渊雷、苏步青、李锐夫等名家曾在本校学习过。学校办学成效显著,1990年12月被苍南县人民政府命名为“苍南县第二实验小学”。1993年秋学校迁入现址。
近年来,学校确立“育人为本，质量第一，突出特色，全面发展”的办学理念,恪守“以学生发展为本，为学生一生奠基”的教育思想。坚持走教育改革实验和特色化教育之路，以小班化教育为“载体”，以英语教学和艺术教育为“两翼”，以教育技术信息化为“助推器”，全面实施素质教育。
学校被评为浙江省示范小学、现代教育技术实验学校、中央教育科学实验学校、少先队全国红旗大队、温州市文明单位、温州市红领巾示范学校、温州市推行《国家体育锻炼标准施行办法》先进学校、温州市中小学日常行为规范达标学校、温州市红领巾示范学校、苍南县绿色学校等称号。